A expulsão dos jesuítas em 1768 produziu um rápido declínio das cidades que antes eram ricas e produtivas. Em trinta anos a população havia diminuído pela metade em relação ao momento da partida forçada dos padres da Companhia. E também o território que havia formado a Província Jesuíta do Paraguai foi desmembrado, tornando-se dependente de diferentes estados. Em 1801, o Império Português apoderou-se das Missões Orientais, ou seja, aquelas sete cidades que ficavam na margem oriental do rio Uruguai, deixando esse curso fluvial como fronteira internacional entre Argentina e Brasil a partir daquele momento.

A conquista das Missões Orientais foi obra de um grupo de aventureiros, ex-desertores do Regimento de Dragões, sediado em Porto Alegre, que, aproveitando uma anistia decretada, preparou-se para trabalhar para a Coroa como ponta de lança da expansão portuguesa para o Uruguai. Tinham a promessa de possuir boa parte das terras obtidas para o Império.
A empresa foi dirigida por José Borges do Canto, grande conhecedor das Sete Vilas devido às suas diversas incursões realizadas anteriormente. Ele estava acompanhado por outro aventureiro, Manuel dos Santos Pedroso, um baqueano amigo de vários caciques guarani das missões que até falavam sua língua. Estes foram liderados por um grupo de 40 combatentes, acompanhados por 300 Guarani fugidos das cidades, insatisfeitos com as autoridades impostas. Em 8 de agosto de 1801 sitiaram San Miguel e em poucos dias conquistaram o resto do território, quase sem oposição dos comandantes militares das cidades missionárias. Aparentemente, a conquista foi precedida de entendimentos com os chefes das vilas, muito diminuídos na nova ordem estabelecida nas Missões pelas autoridades do vice-reinado. Em San Borja, por exemplo, foram os próprios caciques que prenderam os administradores espanhóis, antes da chegada dos conquistadores à cidade.

Esta conquista foi legalizada em 1802 com a assinatura do Tratado de Badajoz. O Império Português criou o distrito de Misiones, que passou a fazer parte da Capitania de São Pedro Sur, com sede em Río Grande. Com essa iniciativa, o Brasil estendeu suas fronteiras ao Uruguai e ao sul até Ibicuy, fronteira com a Banda Oriental (Uruguai). Em 1808, para consolidar a ocupação, nasceu o Comando das Missões, cujo primeiro chefe foi o tenente-coronel Tomás da Costa Correia e Silva. Um ano depois, começaria a longa e polêmica administração do marechal Francisco das Chagas Santos, futuro carrasco de Andrés Guacurarí.
O estado das cidades na época da conquista portuguesa era caótico. O trabalho comunitário estava abandonado há muito tempo, os índios, entregues a si mesmos, caíram na preguiça e nos vícios. As deserções eram permanentes.
Perante esta situação, os primeiros delegados distritais autorizaram as queijarias nas fronteiras ainda não demarcadas. Numa dessas incursões, às margens do Arapey, na Banda Oriental, Borges do Canto foi detido e morto.
Essas incursões possibilitaram, por outro lado, a incursão luso-brasileira nas fronteiras ainda não demarcadas. A Coroa portuguesa incentivou o povoamento desta região concedendo terras e promessas de abrigo e proteção.
Assim que os povos missionários Guarani foram conquistados, a Capitania do Rio Grande começou a ceder terras para fortalecer a ocupação. Assim, os primeiros beneficiários de campos extensos e férteis foram José Borges do Canto, e aqueles que o acompanharam na conquista de 1801.

Esse processo de ocupação do sudoeste do Rio Grande foi a etapa final do projeto populacional do Império Português em suas fronteiras meridionais. A estratégia começou em 1737 com a fundação de Río Grande y Laguna ou Porto dos Casais (Porto Alegre). Um punhado de famílias, ligadas ao Regimento de Dragões, distribuía as principais propriedades na fronteira com a Banda Oriental. Na segunda metade do século XVIII, as bacias hidrográficas (Cochilha Grande) e a Depressão Central, até o rio Jacuhy, foram ocupadas de acordo com as resoluções do Tratado de San Ildefonso. A conquista de Misiones permitiu completar o povoamento para oeste e, a partir daí, as frentes de povoamento continuaram para sul, até às margens do Quareim.
Dessa forma, Portugal consolidou as atuais fronteiras do Brasil, diante da inação das autoridades rio-platenses, mais preocupadas com os problemas decorrentes da revolução de maio do que com o avanço português.

Os novos donos das terras do sul do Brasil acabaram se tornando os grandes senhores das regiões fronteiriças. No primeiro quartel do século XIX, quando os centros urbanos começavam a se formar no Uruguai, a fazenda era uma espécie de “célula social” na região. Os grandes proprietários tornaram-se verdadeiros senhores feudais, em torno dos quais giravam os homens, a produção e a pequena economia.